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DO MORE with LESS | 用声波玩转单细胞测序

点击次数:158 发布时间:2020-07-31

 

单细胞测序技术起始核酸材料极少,步骤比普通NGS繁杂,实验周期更长,难度和风险也更大。重现性和成功率是一大考验。单细胞测序方法众多,除了商品化试剂盒,许多研究人员也会针对自己关注的特征开发全新的技术。另一方面,开展肿瘤异质性等针对细胞群体的研究越来越普遍,这需要对大批量细胞进行逐一的测序和解析。如果按照试剂盒常量/rxn,手工完成每一个细胞的实验,劳力和成本都难以承受。

 

Echo硬核的声波移液技术技术,通过能量控制准确的纳升级液体转移,喷射液滴单位可以低至2.5 nL。其非物理接触、准确小量移液、高速度的特征,决定了Echo非常适合解决单细胞测序中遇到的超高通量、技术灵活多变、反应scale-down成本控制、交叉污染等问题。

 

非物理接触

     ·  样本完整性

     ·  无吸头消耗

     ·  降低交叉污染风险

移液的灵活性

     ·  2.5 /25 nL 每滴

     ·  200-500 滴/秒

     ·  任意孔至任意孔移液

移液条件温和

     ·  DNA/RNA/蛋白等生物大分子

 

以结合SMART-Seq cDNA文库制备及Nextera XT 测序文库制备的单细胞RNA-seq实验为例。SMART-Seq反应体系(50 uL)可以由Echo缩小4,5,8,10,16,20至32倍,Nextera XT 试剂盒可缩小10倍(50 uL至5 ul)使用。值得注意的是,SMART-seq cDNA文库制备中,常量反应总体积为50 ul, 缩小32倍后反应总体积仅仅只有1.75 uL,还不及一个常量反应中逆转录酶使用量大。借助Echo,一个96 rxn的试剂盒将具备完成3072 rxn的可能。

 

Echo可以完成

 微量化的单细胞基因组放大3

 微量化的单细胞测序文库制备

 微量化的文库浓度质控

 一步法文库Normalization&Pooling

 Better together—— Echo plus Biomek自动化单细胞测序方案

 

基于Echo的单细胞文库制备不受待测细胞数目的限制,支持各种试

Better together—— Echo plus Biomek自动化单细胞测序方案

基于Echo的单细胞文库制备不受待测细胞数目的限制,支持各种试剂盒的灵活组合和NGS建库方法学DIY。做你想做的,测你想测的,提供scale-down的微量化反应体系和scale-up的自由度。

 

将Echo声波移液工作站与Biomek i-系列自动化工作站结合,可实现更高自动化程度的单细胞测序实验。Echo完成文库制备中涉及的微量化反应体系构建, 由Biomek自动化工作站配合实现文库 Agencourt SPRIselect磁珠PCR clean-up和片段筛选。实验流中产生的数据均可查可溯,保证文库信息安全可靠。

 

 

参考:

        1. US Patent 6938987

        2. US Patent 6938995

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