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速度!12分钟Pooling 384个NGS文库

点击次数:141 发布时间:2020-09-15

 

 

 

 

 

Pooling是测序文库上机前的临门一脚。经过数小时乃至几天的实验,初始样品终于变成浓度、片段大小都符合质控指标的library嗷嗷待测。Pooling实验通常由两位操作者协作。根据表单信息将文库归一化到一定浓度,再将想要合并测序的文库混合,耗时耗力。

事实上Pooling完全可以不需要密集的吸液移液操作,不需要这么多时间和精力投入,甚至就不需要移液器和吸头。采用Echo声波移液系统,12分钟即可完成384个文库pooling1,而手工完成归一化和pooling需耗时长达3小时。

 

 

Echo通过聚焦声波能量转移低至2.5nL的样品,不需要吸头,无物理接触。每秒传输几百个液滴实现nL到uL级的液体传输。Echo可以微量化反应体系到几微升,甚至数百纳升,将样品从微孔板任意孔快速转移到目的板任意孔。在基因组学及合成生物学中,被应用到微量化NGS建库和快速pooling文库、引物、寡聚核苷酸探针当中。

Echo 一步法NGS文库Pooling

  Echo不与文库样本直接接触,不需要费时间加载或清洗吸头,可以在不到一秒的时间将微孔板上的NGS文库转移到目标孔内。

  高浓度文库不需额外稀释。通过nL至uL级液滴转移,将浓度归一化和pooling简化为一步进行。

  数据管理和自动化操作可以避免人工操作失误,提高实验过程的可靠性。

Echo可关联输入文件,软件自动完成高通量pooling

左:将需要pooling的各文库信息写入输入文件,采用Echo一步法完成Pooling。 
 右:比较384个文库的200 nL/文库等体积Echo混样和等摩尔量Echo混样。
    结果显示经Echo pooling后文库获得更加均一的测序量。

 

Echo 微量化NGS文库定量质控

Echo可完成384孔甚至1536孔每板的超高通量微量化文库质控定量。声波移液含DNA染料的缓冲溶液、文库到酶标板中进行荧光检测。或是进行文库qPCR检测体系构建,避免标准品梯度稀释的累积误差和气溶胶污染。文库定量的微量化能够减少试剂消耗,有效控制成本。此外,Echo支持在软件中以表单的形式挑选某些文库做qPCR。整个实验过程数据可循,避免手工操作的窜孔等错误。

 

采用Echo完成文库定量,微量化反应体系至2 uL,4 uL及8 uL绘制校准曲线

 

参考:

1.LABCYTE®: Brochure | Echo Acoustic Liquid Handling for Genomics Research, Version 1.0 | AUGUST 2017

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