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揭秘中国人群肾癌关键致病基因:复旦交大团队发文《自然·通讯》

点击次数:95 发布时间:2022-06-06

如多数肿瘤一样,肾癌的分子分型是提高肾癌疗效及肾癌精准治疗的关键。

美国临床肿瘤蛋白质组学会(Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium, CPTAC)曾公布了103例透明细胞肾癌患者的蛋白质基因组学特征,为欧美国家的肾癌精准治疗提供了依据。但该数据来源于西方肾癌患者,同国内的患者存在差距,该研究并不能满足国内肾癌临床和基础研究中的迫切需求。

复旦大学丁琛教授团队、叶定伟教授团队和上海交通大学赵健元教授团队联合对232例本土肾癌患者人群的肾透明细胞癌(Clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)进行了分析 ,综合蛋白组、基因组并结合患者临床病理特征和生存数据,描绘了中国透明细胞肾癌的蛋白质基因表达图谱,揭示了中国人群肾癌关键致病基因变异。为更优的诊疗提供了依据。该工作发表于《自然·通讯》1。

下图描述了该研究的整体思路和方法。

Fig. 1a: Schematic representation of the multiomics analyses of ccRCC, including sample preparation, protein identification, WES, and function verification.

 

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其中WES(全外显子组测序)是关键数据之一。

作者在文中特别提到,该工作分别使用了IDT埃德特公司的DNA建库试剂盒(原Swift Biosciences*)、接头、外显子WES panel以及定制探针,并使用到了贝克曼库尔特的SPRIselect (Beckman, B23319)进行了文库的纯化。


* 2021年3月,IDT埃德特完成对于Swift Biosciences公司的收购。


IDT埃德特公司的相关产品:


1. IDT xGen cfDNA & FFPE DNA 建库试剂盒

使用该试剂盒可对cfDNA样本或FFPE组织提取的 DNA 样本进行灵敏、准确的变异检测。使用该试剂盒的专用连接法,可使转化率达到最高并抑制接头二聚体形成。在单链连接期间引入特异性分子标签 (UMI) 序列,便于采用多种去重和纠错法。


2. 原Swift Accel-NGS 2S Hyb DNA 建库试剂盒(现IDT 2S Hyb DNA 建库试剂盒)

利用独特的技术,保证样品高效的文库转化率,使得降解样品和低起始量等困难样品(例如FFPE、cfDNA等样品)产出高质量的测序数据。只需≥10 ng cfDNA 或≥ 100 ng gDNA即可进行PCR-free建库流程。独特的5’ 和3’ 修复步骤,针对损伤样品(如物理打断后产生损失)进行修复;对于富含AT/GC的基因组区域覆盖度均一,适用于多种样品类型;优异、高效的文库转化效率使得更多分子进行转化,保持更高的文库复杂度;无需接头稀释,不同起始量也可保持稳定的文库转化效率。


3. IDT全外显子捕获试剂盒(xGen Exome Research Panel)

IDT全外显子捕获试剂盒(xGen Exome Research Panel)v2由 415,115 条单独合成且经过质控检验的 xGen Lockdown 探针组成。探针组跨越人基因组的 34 Mb 目标区域(19,433 个基因),并且覆盖 39 Mb 的探针空间(即由探针覆盖的基因组区域)。探针组中的所有探针均严格按照 ISO 13485 标准进行生产。探针使用全新的“捕获感知”(capture-aware) 算法进行设计,并进行了专有的脱靶分析,确保实现最完整的设计覆盖度。每条探针均经过质谱法和双定量测量检验,确保探针的质量及在探针库中具有适当的代表性。通过始终如一的深度覆盖,致力于推动临床科学研究。


关于贝克曼库尔特的SPRselect:

SPRI纯化技术采用顺磁性磁珠、选择性的结合特定大小的核酸,已广泛应用于NGS的纯化及片段筛选等领域,被超200多主流NGS试剂盒推荐,超15,000篇论文引用。相比于传统纯化磁珠,SPRIselect更具备如下优势:


1,室温储存。

即拿即用、省钱省时:节省昂贵的冰箱空间,更省去大量温度平衡的时间;

 

2,精准的片段筛选,且保证不同批次间稳定性。

不论今年或明年,可靠的SPRIselect将始终如一的产出可重复的片筛结果,无需重复测试磁珠比例。如下图所示,不同批次间片筛均值差异不超过2 bp。提供片段筛选浓度指引。

 

 

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3,专家选择

已有超40个建库试剂盒推荐SPRIselect;超1,000篇论文选用SPRIselect。


订购信息

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参考文献:

1,Qu, Y., Feng, J., Wu, X, et. al. A proteogenomic analysis of clear cell renal cell carcinoma in a Chinese population. Nature Communications. (2022). DOI: 10.1038/s41467-022-29577-x

 

 

 

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